Die Kirche ist ein engagierter Verfechter der interreligiösen Zusammenarbeit bei Themen, die für alle Religionen von Wichtigkeit sind. Scientology arbeitet mit Vertretern vieler Religionen zusammen, um den interreligiösen Dialog, die Religionsfreiheit und die Achtung der Religion in der Gesellschaft zu fördern.
Scientologen haben sich aktiv für Religionsfreiheit in Europa eingesetzt. In Frankreich versammelten sich Scientologen, um eine „Erklärung für Religionsfreiheit“ abzugeben, die von Vertretern des Europarats entgegengenommen wurde. In Dänemark sind Scientologen aktive Mitglieder des Dänischen interreligiösen Forums, einer starken Stimme für Religionsfreiheit in ganz Skandinavien. In Belgien spielte die Scientology Kirche eine wichtige Rolle dabei, den ökumenischen europäischen Rat religiöser Bewegungen zu etablieren, dessen Mitglieder ihre jeweiligen Kirchen bei Fragen der Religionsfreiheit vertreten.
Scientology Kirchen haben auch viele Konferenzen mit zahlreichen verschiedenen Glaubensrichtungen in Europa und den Vereinigten Staaten organisiert, damit sie sich gemeinsam für religiöse Freiheit und Toleranz einsetzen können. In Russland halfen Scientologen dabei, eine Reihe von bedeutenden Konferenzen über dieses Thema zu organisieren, einige davon in Zusammenarbeit mit dem landesweiten Büro des Ombudsmannes und der russischen Akademie für Staatswissenschaften.
Nach der Zerstörung des World Trade Centers am 11. September 2001 lud die Scientology Kirche in England zu einer internationalen Konferenz mit dem Titel „Das moralische Vakuum füllen“ ein. Unter den fünfundsiebzig Teilnehmern waren religiöse Würdenträger, Menschenrechtler und Gelehrte aus Europa, Asien, Afrika, den Vereinigten Staaten und Kanada.
In Los Angeles und anderswo sind Scientology Geistliche Mitglieder von Geistlichen-Räten, die von Behörden der Exekutive gesponsert werden, wie zum Beispiel vom Sheriff-Dezernat des Landkreises Los Angeles und dem Polizeidezernat der Stadt Los Angeles. Diese Räte organisieren Veranstaltungen in der Gemeinde, um Jugendlichen in den ärmeren Stadtvierteln zu helfen, einen Zweck und eine Richtung für ihr Leben zu finden.
