Die Scientology Kirche hat eine Struktur, die eine Vielfalt von verschiedenen religiösen Aktivitäten vereint und koordiniert. Dies umfasst nicht nur die religiösen Scientology Gemeindedienste und Praktiken, sondern auch Missionierung, überregionale Kirchenleitung, Kommunikationsnetzwerke, die Herstellung und Verbreitung von Materialien und viele andere Funktionen. Somit ist die Scientology Gemeinde sowohl durch gemeinsamen Glauben und Praktiken, als auch durch eine Organisierungsform, die einzigartig auf ihre religiöse Mission zugeschnitten ist, vereint.
Auf den unteren Stufen dieser Hierarchie gibt es einzelne Feldauditoren, religiöse Gruppen und Missionen, die einführendes Auditing und Ausbildung bieten. Höher gestellt sind größere kirchliche Organisationen, welche fortgeschrittenere Auditingstufen und Ausbildung in religiösen Diensten bieten.
Auf überregionaler Ebene gibt es eine internationale Kirchenleitung. Diese überregionale Kirchenleitung – angefangen bei der Church of Scientology International über eine Reihe von Kontinentalen Verbindungsbüros, die für die geografischen Zonen zuständig sind – ist eine Unterstützungs- und Koordinationsstelle und stellt sicher, dass die spirituelle Philosophie und die Wahrheiten der Dianetik und Scientology jedem zugänglich sind, der sie erlernen möchte, und dass die Scientology Dienste genau so durchgeführt werden, wie dies von L. Ron Hubbard dargelegt wurde.
Die Werke der Scientology verlangen, dass die Religionsausübung auf orthodoxe Weise stattfindet, und die hierarchische Struktur hilft sicherzustellen, dass einzelne Kirchen die nötige Hilfe und Unterstützung bekommen, um dies tun zu können. Alle Scientologen können somit sicher sein, in jeder Kirche der Welt eine akkurate Einhaltung der Religion vorzufinden.
Jede einzelne Scientology Kirche ist eine eigenständige eingetragene Körperschaft unter ihrem eigenen Vorstand. Die Vorstände bilden auch die Kirchenleitung, und sie sind vollständig dafür verantwortlich, ihren Gemeindemitgliedern Dienste zu bieten.